Dưới thời Pháp thuộc, địa bàn xã Phong Phú hiện nay tương ứng với hai làng Phong Đước và An Phú thuộc tổng Tân Phong Hạ, quận Trung Quận (còn được gọi là quận Gò Đen), tỉnh Chợ Lớn.

Sau năm 1956, các làng được gọi là xã. Vào năm 1957, chính quyền Việt Nam Cộng hòa giải thể tỉnh Chợ Lớn và sáp nhập phần lớn quận Gò Đen cũ (gồm ba tổng Long Hưng Thượng, Long Hưng Trung và Tân Phong Hạ) vào tỉnh Gia Định để thành lập quận Bình Chánh, hai xã Phong Đước và An Phú thuộc quận Bình Chánh.

Sau năm 1975, hai xã Phong Đước và An Phú được sáp nhập thành xã Phong Phú thuộc huyện Bình Chánh, Thành phố Hồ Chí Minh.[3]